El Decano del Fútbol de Artigas acumula a lo largo de más de 100 años de historia muchos títulos.
Estos títulos y copas levantadas hacen eterno el espíritu victorioso del Santo en su gloriosa trayectoria.
En diversos torneos, en muchas competiciones con diferentes cuadros, San Eugenio nunca dejó de ganar campeonatos.
Es el único equipo que se mantiene en primera división desde la fundación de la liga de artigas.
El más querido, también es llamado "San Octenio", por sus dos inigualables hazañas 1918-1925 y 75 años después 1993-2000.
Títulos de Primera División (no se incluyen liguillas):
1918 - Campeón Departamental (primer campeonato oficial ganado por el club)
1919 - Bi-Campeón Departamental
1920 - Tri-Campeón Departamental
1921 - Tetra-Campeón Departamental
1922 - Quinquenio (Copas Ariel, Bilac y Miranda)
1923 - Sexenio (Copas Ariel, Bilac y Miranda)
1924 - Septenio (Copas Ariel, Bilac y Miranda)
1925 - OCTENIO (Medallas del Consejo Dptal. de Adm.)
1926 - no finalizó el campeonato completamente. Se ganó la Copa “Tribuna Salteña”.
1927 - no finalizó el campeonato completamente
La Copa “Ibarlucea” no se jugó, y la Copa “Ministerio de Instrucción Pública”,
no se terminó de disputar.
1928 - Campeón Departamental (ganando las 7 copas)
1929 - Bi-Campeón
“Copa Ministerio de Instrucción Pública”: Campeón San Eugenio
“Copa Vega Helguera y Cía.” (1era ves q se disputa): Campeón San Eugenio
“Copa Héctor Miranda”: Campeón San Eugenio
(La Copa Ibarlucea, la ganó el Club Comercio)
1931 - Campeón Departamental-
1933 - Campeón Departamental (25 años del club, inicio del Tetra)
1934 - Bi-Campeón Departamental
1935 - Tri-Campeón Departamental
1936 - TETRA-Campeón Departamental
1948 - Campeón Departamental
Campeón del Campeonato Relámpago, que se disputaba desde 1936,
quedándonos con el trofeo en forma definitiva.
1950 - Campeón Departamental
1952 - Campeón Departamental
1954 - Campeón Departamental - Ganamos 6 copas de forma invicta.
1955 - No tenemos confirmación del campeón, pero muy probablemente haya sido Uruguay.
Ese año en uno de los duelos más emotivos con Uruguay, disputamos cuatro veces con
alargue la final de la Copa Quiroz Saldaña logrando San Eugenio el trofeo.
1956 - Campeón Departamental
1957 - Bi-Campeón Departamental (Invicto)
1958 - Tri-Campeón Departamental(Copa 50 años de SEFC)
1960 - Campeón Departamental (Copa 50 años de SEFC)
1962 - Campeón Departamental (Copa 50 años SEFC) - Quedando con el trofeo en forma definitiva
1964 - Campeón Departamental
1967 - Campeón Departamental
1969 - Campeón Departamental
1970 - Campeón del Litoral y del Interior
1971 - ViceCampeón SuperCopa de Campeones(frente a Atenas de San Carlos)
1972 - Campeón Departamental
1973 - Bi-Campeón Departamental - San Eugenio 0 x 0 Oriental
1984 - Campeón Departamental (Copa 100 años del Departamento) -
Campeón del Litoral y Vice del Interior
1985 - Bi-Campeón Departamental
1986 - Tri-Campeón Departamental
1987 - Campeón Departamental - Campeón del Litoral y Vice del Interior
1989 - Campeón Departamental (Recorriendo todas las canchas de la ciudad)
1993 - Campeón Departamental (Inicio del Octenio)
1994 - Bi-Campeón (Copa Luis Alberto “Chichito” Fernández) (Gran hincha del club)
1995 - Tri-Campeón Departamental
1996 - Tetra-Campeón Departamental - Copa Robert William Alvez (Gran Jugador,Campeón del Interior 1970)
1997 - Quinquenio-Campeón Departamental
1998 - Sexenio-Campeón Departamental - San Eugenio 3 x 1 Wanderers
1999 - Septenio-Campeón Departamental
2000 - OCTENIO-Campeón Departamental
2005 - Campeón Departamental (Copa 70 años club Wanderers)
2007 - Campeón del Clausura Invicto - Campeón Departamental
2009 - Campeón Departamental y Campeón del Clausura